KIP-Veröffentlichungen

Molekulardynamische Simulation von triple helical DNA Strukturen für die Detektion des Her2/neu Gens mit COMBO-FISH:
Triplex-forming oligonucleotides (TFOs) sind ein wichtiger Markierungstyp für COMBinatorial Oligonucleotide FISH. In dieser Arbeit wurden molekulardynamische Simulationen zu einem Marker des Her2/neu Gens durchgeführt, welches bei der Entwicklung von Brustkrebs eine wichtige Rolle spielt. Es wurde ein Programm geschrieben, das eine beliebige DNA Sequenz aus gegebenen DNA-Triplets aufbauen kann. Um die Bindungsstabilität dieses TFOs analysieren zu können, wurden TFOs mit einer Länge von 8, 12, 16 und 20 Basentriplets mit derselben Sequenz über einen Zeitraum von 55 ns simuliert. Obwohl sich Teile des Hoogsteen gebundenen DNA-Strangs relativ zu der B-DNA nach oben und unten bewegten, blieb der dritte Strang immer mit der B-DNA verbunden. Während diesen Bewegungen bildeten sich in allen vier Simulationen C G T und T AC Basentriplets. Diese sind bekannt, gehören aber nicht zu den Standardbasentriplets. Eine Sequenz von drei aufeinander folgenden T Basen war stabiler gebunden, als Sequenzen mit wechselnden C und T Basen. Ein Stabilitätsunterschied zwischen den vier verschiedenen TFOs konnte nicht festgestellt werden.

Molecular dynamic simulations of triple helical DNA structures for the detection of the Her2/neu gene with COMBO-FISH:
Triplex-forming oligonucleotides (TFOs) are one important label type for COMBinatorial Oligonucleotide FISH. In this thesis, molecular dynamics simulations of one marker for the Her2/neu gene, which plays an important role during breast cancer development, were performed. A program to create any DNA sequence based on given DNA triplets was developed. To analyze the binding stability of the TFO for dierent lengths of the label, TFOs of 8, 12, 16 and 20 base triplets with the same sequence were simulated over a time period of 55 ns. Although parts of the Hoogsteen strand were moving up and down relative to the B-DNA, the third stayed connected to the B-DNA throughout the whole simulation. During these movements, the non-standard triplets C  G  T and T  A  C were formed in all four simulations. A bond of three consecutively following T bases was more stable than changes between C and T bases. A dierence in the stability between the four dierent TFOs could not be determined.